Selon les magistrats financiers de la rue Cambon, même en gelant les engagements déjà pris par l'Agence de financement des infrastructures de transports (Afitf), celle-ci sera en déficit d'environ 600 millions d'euros en 2019.
Si l'Etat décide néanmoins de soutenir d'autres projets, en particulier le tunnel ferroviaire Lyon-Turin et le canal Seine-Nord, ce découvert pourra se creuser jusqu'à 4,7 milliards à la même date, calculent-ils.
Fin 2015, le total des sommes restant à payer s'élevait à 11,9 milliards d'euros. La Cour des comptes observe que "le financement pluriannuel des infrastructures de transport ne fait jusqu'à présent l'objet d'aucune programmation" et n'est par conséquent "pas assuré à moyen terme", d'autant plus que le gouvernement a "renoncé" à instaurer l'écotaxe poids lourds fin 2014.
Qualifiant l'Afitf de "quasi coquille vide" et de "caisse de financement" sous tutelle du ministère des Transports, qui l'utilise pour "s'affranchir des principes du droit budgétaire", les magistrats ne demandent pas pour autant la suppression de cet "opérateur de l'Etat sans feuille de route ni marge de manoeuvre", comme ils l'avaient fait en 2009.
Le Premier ministre, Manuel Valls, a au contraire défendu cette agence créée en 2004 et qui "a réussi à s'imposer comme une véritable instance de décision", dans une réponse au référé de la Cour des comptes.
Le chef du gouvernement a affirmé que la hausse de 2 centimes de la taxe sur le gazole entrée en vigueur en 2015 "a permis de compenser la suppression des ressources issues de l'écotaxe poids lourds".
L'écotaxe devait financer l'Afitf, mais a été abandonnée par le gouvernement à l'automne 2014. Le premier ministre a en outre souligné que les sommes restant à payer "ont fortement diminué" depuis 2014 et relativisé les prévisions de déficit de l'Afitf, qui "méritent d'être fortement nuancées".
D'après Matignon, sur les 11,9 milliards restant à payer fin 2015, "plus de 6 milliards" concernent des projets réalisés en partenariat public-privé qui seront payés "sur des durées supérieures à huit ans".